zend_extension_ts = "<путь-к-папке-ext>/php_xdebug.dll"
xdebug.remote_enable=1
xdebug.remote_handler=dbgp
xdebug.remote_mode=req
xdebug.remote_port=9000
xdebug.remote_host=localhost
xdebug.idekey=bullgare ;ну или другой

;это для профилирования
xdebug.profiler_enable=Off
xdebug.profiler_output_dir="c:\traces"
xdebug.profiler_enable_trigger=On
xdebug.profiler_output_name = cachegrind.out.%t.%p

После перезапуска апача phpinfo будет содержать раздел xdebug.

3. Качаем плагин для firefox – Xdebug Helper с неофициального сайта – http://www.softpedia.com/progDownload/Xdebug-Helper-Download-79882.html, к сожалению, на официальном сайте его уже нет, там он называется EasyXdebug и не работает (https://addons.mozilla.org/nl/firefox/addon/58688).
Он для нового firefox не подходит – надо поправить версию. Залазим в скачанный архив (можно временно переименовать в zip, к примеру), редактируем файл install.rdf – ставим параметр maxVersion=»5.0″. Сохраняем в архив, переименовываем его обратно (меняем расширение). Потом он ставится без проблем. Прописываем в настройках плагина тот же ключ, что и в php.ini.
4. После этого в среде разработки настраиваем всё в соответствии с настройками php и плагина. Я лично пользуюсь phpStorm, в нём надо ткнуть в кнопку Select Debug configuration, создать новую конфигурацию, создать в конфигурации новыйServer, у которого в Web server root URL пишем url к корню сервера, к примеру, http://example.com. Во вкладке Mappings в поле Local path пишем локальный путь к серверу (с:\mysite).
В настройках конфигурации прописать браузер – firefox и idekey.
5. Использование:
В браузере ткнуть в правом нижнем углу кнопку Start/stop xdebug session, в IDE нажать на кнопку debug, поставить точку останова, обновить страничку.
С момента на писания статьи IDE немного поменялась, про настройку лучше почитать в их официальном блоге – Configuring PHP debugging in PhpStorm 2.0.

Если идёт работа через nginx+php-fpm, то надо прописать порт 9900, к примеру (обычно fastcgi висит на 9000 порту). В nginx.conf в раздел http добавляем fastcgi_read_timeout 600;, а в php/fpm/pool.d/www.conf – request_terminate_timeout = 600 (это для Ubuntu;-) ). Нужно это для того, чтобы nginx и fastcgi не рвали соединение через 60 секунд. (http://habrahabr.ru/qa/1452/).
Xdebug helper уже почему-то не поддерживается, но его можно скачать с официального сайта (правда надо подправить install.rdf, т.к. он устарел), уже модифицированная версия – xdebug_helper-0.3.1-fx (надо поставить расширение xpi).

Если на сервере идёт одновременная работа с нескольких разработческих машин, то надо в ini дописать

xdebug.remote_connect_back = 1
;xdebug.remote_host закомментировать

Хотя это даст возможность любому зашедшему с правильным ключом запустить любой запрос в режиме отладки, что не хорошо для открытых извне серверов. Если же сервер открыт всем , то можно попробовать использовать Xdebug proxy (phpStorm 2.1 поддерживает прокси).

Описание всех параметров xdebug

xdebug_start_trace('<Путь-к файлу>.html', XDEBUG_TRACE_HTML);
...
...
xdebug_stop_trace();

zend_extension = <путь-к-php>\ext\php_xdebug.dll

Далее ставим плагин для firefox – Xdebug Helper, настройка всего инструментария – в базе знаний Google
Работа с Xdebug под Eclipse
ещё про установку и настройку xdebug,
Профилирование с Xdebug на habrahabr.
Самое основное – параметр в php.ini

xdebug.profiler_enable_trigger=On

В итоге у меня получилось (php5.3)

zend_extension = путь-к-php53\ext\php_xdebug.dll
xdebug.remote_enable=1
xdebug.remote_handler=dbgp
xdebug.remote_mode=req
xdebug.remote_port=9000
xdebug.remote_host=localhost
xdebug.idekey=default

;xdebug.dump_once = On
;xdebug.dump_globals = On
;xdebug.dump_undefined = On
;xdebug.dump.REQUEST = *
;xdebug.dump.SERVER = REQUEST_METHOD,REQUEST_URI,HTTP_USER_AGENT

xdebug.profiler_enable=Off
xdebug.profiler_output_dir="c:\traces"
xdebug.profiler_enable_trigger=On
xdebug.profiler_output_name = cachegrind.out.%t.%p

Теперь достаточно передать в GET-параметре ?XDEBUG_PROFILE (вот как раз тут полезен XdebugHelper – там это можно включить для определённого сайта).
много ссылок на полезные статьи.
Инструмент для анализа логов Xdebug от создателя.

Дебаг проекта через NetBeans совместно с XdebugHelper:
запустить отладчик в NetBeans и затем нажать кнопку «run» (это NetBeans заставит слушать Xdebug), а затем открыть сайт с активированным на нём XdebugHelper’ом.