Для использования в связке с php-fpm нужно указать:

fastcgi_param  HTTPS on;

zend_extension_ts = "<путь-к-папке-ext>/php_xdebug.dll"
xdebug.remote_enable=1
xdebug.remote_handler=dbgp
xdebug.remote_mode=req
xdebug.remote_port=9000
xdebug.remote_host=localhost
xdebug.idekey=bullgare ;ну или другой

;это для профилирования
xdebug.profiler_enable=Off
xdebug.profiler_output_dir="c:\traces"
xdebug.profiler_enable_trigger=On
xdebug.profiler_output_name = cachegrind.out.%t.%p

После перезапуска апача phpinfo будет содержать раздел xdebug.

3. Качаем плагин для firefox – Xdebug Helper с неофициального сайта – http://www.softpedia.com/progDownload/Xdebug-Helper-Download-79882.html, к сожалению, на официальном сайте его уже нет, там он называется EasyXdebug и не работает (https://addons.mozilla.org/nl/firefox/addon/58688).
Он для нового firefox не подходит – надо поправить версию. Залазим в скачанный архив (можно временно переименовать в zip, к примеру), редактируем файл install.rdf – ставим параметр maxVersion=»5.0″. Сохраняем в архив, переименовываем его обратно (меняем расширение). Потом он ставится без проблем. Прописываем в настройках плагина тот же ключ, что и в php.ini.
4. После этого в среде разработки настраиваем всё в соответствии с настройками php и плагина. Я лично пользуюсь phpStorm, в нём надо ткнуть в кнопку Select Debug configuration, создать новую конфигурацию, создать в конфигурации новыйServer, у которого в Web server root URL пишем url к корню сервера, к примеру, http://example.com. Во вкладке Mappings в поле Local path пишем локальный путь к серверу (с:\mysite).
В настройках конфигурации прописать браузер – firefox и idekey.
5. Использование:
В браузере ткнуть в правом нижнем углу кнопку Start/stop xdebug session, в IDE нажать на кнопку debug, поставить точку останова, обновить страничку.
С момента на писания статьи IDE немного поменялась, про настройку лучше почитать в их официальном блоге – Configuring PHP debugging in PhpStorm 2.0.

Если идёт работа через nginx+php-fpm, то надо прописать порт 9900, к примеру (обычно fastcgi висит на 9000 порту). В nginx.conf в раздел http добавляем fastcgi_read_timeout 600;, а в php/fpm/pool.d/www.conf – request_terminate_timeout = 600 (это для Ubuntu;-) ). Нужно это для того, чтобы nginx и fastcgi не рвали соединение через 60 секунд. (http://habrahabr.ru/qa/1452/).
Xdebug helper уже почему-то не поддерживается, но его можно скачать с официального сайта (правда надо подправить install.rdf, т.к. он устарел), уже модифицированная версия – xdebug_helper-0.3.1-fx (надо поставить расширение xpi).

Если на сервере идёт одновременная работа с нескольких разработческих машин, то надо в ini дописать

xdebug.remote_connect_back = 1
;xdebug.remote_host закомментировать

Хотя это даст возможность любому зашедшему с правильным ключом запустить любой запрос в режиме отладки, что не хорошо для открытых извне серверов. Если же сервер открыт всем , то можно попробовать использовать Xdebug proxy (phpStorm 2.1 поддерживает прокси).

Описание всех параметров xdebug

location ~ \.php {
   if ( !-e $request_filename ) {
      rewrite ^(.+)$ /index.php break;
   }

   fastcgi_pass 127.0.0.1:9900;
   fastcgi_index index.php;
   fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $fastcgi_script_name;
   include /etc/nginx/fastcgi_params;
}
location = /index.php {
   fastcgi_pass 127.0.0.1:9900
   fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $fastcgi_script_name;
   include /etc/nginx/fastcgi_params;
}

Почитать:
Официальная документация модуля ngx_http_rewrite_module
Пример конфигурации
Куча примеров

worker_processes 1;

events {
	worker_connections 1024;
}

http {
	include mime.types;
	default_type application/octet-stream;

	server {
		listen 80;
		server_name localhost;

		charset utf-8;

		location / {
			root html/localhost;
			index index.php index.html index.htm;
		}

		error_page 500 502 503 504 /50x.html;
		location = /50x.html {
			root html;
		}

		location ~ \.php$ {
			root html;
			fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
			fastcgi_index  index.php;

			fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME  /usr/local/nginx/html/localhost$fastcgi_script_name;
			fastcgi_param  QUERY_STRING     $query_string;
			fastcgi_param  REQUEST_METHOD   $request_method;
			fastcgi_param  CONTENT_TYPE     $content_type;
			fastcgi_param  CONTENT_LENGTH   $content_length;
			include fastcgi_params;
		}
	}

	server {
		listen 80;
		server_name test-virtual;

		charset utf-8;

		location / {
			root html/test-virtual;
			index index.php index.html index.htm;
		}

		error_page 500 502 503 504 /50x.html;
		location = /50x.html {
			root html;
		}

		location ~ \.php$ {
			root html;
			fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
			fastcgi_index  index.php;

			fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME  /usr/local/nginx/html/test-virtual$fastcgi_script_name;
			fastcgi_param  QUERY_STRING     $query_string;
			fastcgi_param  REQUEST_METHOD   $request_method;
			fastcgi_param  CONTENT_TYPE     $content_type;
			fastcgi_param  CONTENT_LENGTH   $content_length;
			include fastcgi_params;
		}
	}
}

В /etc/hosts добавляем ещё один хост:

127.0.0.1 localhost
127.0.0.1 test-virtual

worker_processes 1;

events {
	worker_connections 1024;
}

http {
	include mime.types;
	default_type application/octet-stream;

	server {
		listen 80;
		server_name localhost;

		charset utf-8;

		location / {
			root html;
			index index.php index.html index.htm;
		}

		error_page 500 502 503 504 /50x.html;
		location = /50x.html {
			root html;
		}

		location ~ \.php$ {
			root html;
			fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
			fastcgi_index  index.php;

			fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME  /usr/local/nginx/html$fastcgi_script_name;
			fastcgi_param  QUERY_STRING     $query_string;
			fastcgi_param  REQUEST_METHOD   $request_method;
			fastcgi_param  CONTENT_TYPE     $content_type;
			fastcgi_param  CONTENT_LENGTH   $content_length;
			include fastcgi_params;
		}
	}
}

Ссылка на полезный пример.

# tar zxvf nginx-0.8.15.tar.gz
# cd nginx-0.8.15.tar.gz
# ./configure

Всё конфигурируется, а потом выводятся строки

./configure: error: the HTTP rewrite module requires the PCRE library.
You can either disable the module by using –without-http_rewrite_module
option, or install the PCRE library into the system, or build the PCRE library
statically from the source with nginx by using –with-pcre= option.

Нужно поставить библиотеки (тут написано, какие потом ещё могут понадобиться)

# apt-get install libpcre3 libpcre3-dev libpcrecpp0 libssl-dev zlib1g-dev

Потом продолжаем установку:

# ./configure --with-md5=/usr/lib --with-http_dav_module --with-http_ssl_module
# make
# make install

В итоге конфигурируется с параметрами

Configuration summary
+ using system PCRE library
+ using system OpenSSL library
+ md5: using OpenSSL library
+ sha1 library is not used
+ using system zlib library

nginx path prefix: «/usr/local/nginx»
nginx binary file: «/usr/local/nginx/sbin/nginx»
nginx configuration prefix: «/usr/local/nginx/conf»
nginx configuration file: «/usr/local/nginx/conf/nginx.conf»
nginx pid file: «/usr/local/nginx/logs/nginx.pid»
nginx error log file: «/usr/local/nginx/logs/error.log»
nginx http access log file: «/usr/local/nginx/logs/access.log»
nginx http client request body temporary files: «client_body_temp»
nginx http proxy temporary files: «proxy_temp»
nginx http fastcgi temporary files: «fastcgi_temp»

Далее конфигурируем автозагрузку через скрипт init.d (взято отсюда).
Для этого создаём файл в /etc/init.d/nginx со следующим содержимым:

    #! /bin/sh

    ### BEGIN INIT INFO
    # Provides:          nginx
    # Required-Start:    $all
    # Required-Stop:     $all
    # Default-Start:     2 3 4 5
    # Default-Stop:      0 1 6
    # Short-Description: starts the nginx web server
    # Description:       starts nginx using start-stop-daemon
    ### END INIT INFO

    PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin
    DAEMON=/usr/local/nginx/sbin/nginx
    NAME=nginx
    DESC=nginx

    test -x $DAEMON || exit 0

    # Include nginx defaults if available
    if [ -f /etc/default/nginx ] ; then
    . /etc/default/nginx
    fi

    set -e

    case "$1" in
    start)
    echo -n "Starting $DESC: "
    start-stop-daemon --start --quiet --pidfile /usr/local/nginx/logs/$NAME.pid \
    --exec $DAEMON -- $DAEMON_OPTS
    echo "$NAME."
    ;;
    stop)
    echo -n "Stopping $DESC: "
    start-stop-daemon --stop --quiet --pidfile /usr/local/nginx/logs/$NAME.pid \
    --exec $DAEMON
    echo "$NAME."
    ;;
    restart|force-reload)
    echo -n "Restarting $DESC: "
    start-stop-daemon --stop --quiet --pidfile \
    /usr/local/nginx/logs/$NAME.pid --exec $DAEMON
    sleep 1
    start-stop-daemon --start --quiet --pidfile \
    /usr/local/nginx/logs/$NAME.pid --exec $DAEMON -- $DAEMON_OPTS
    echo "$NAME."
    ;;
    reload)
    echo -n "Reloading $DESC configuration: "
    start-stop-daemon --stop --signal HUP --quiet --pidfile /usr/local/nginx/logs/$NAME.pid \
    --exec $DAEMON
    echo "$NAME."
    ;;
    *)
    N=/etc/init.d/$NAME
    echo "Usage: $N {start|stop|restart|force-reload}" >&2
    exit 1
    ;;
    esac

    exit 0

и потом

chmod +x /etc/init.d/nginx
/usr/sbin/update-rc.d -f nginx defaults

Первая строка добавляет права на выполнение, а вторая обновляет автозагрузку.
Теперь можно пользоваться командами

/etc/init.d/nginx start | stop | restart

Конфигурация nginx:

# user nobody;
worker_processes 1;

events {
	worker_connections 1024;
}

http {
	include mime.types;
	default_type application/octet-stream;

	server {
		listen 80;
		server_name localhost;

		charset utf-8;

		location / {
			root html;
			index index.php index.html index.htm;
		}

		error_page 500 502 503 504 /50x.html;
		location = /50x.html {
			root html;
		}

		location ~ \.php$ {
			fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
			fastcgi_index index.php;
			fastcgi_param script_FILENAME /usr/local/www/nginx$fastcgi_script_name;
			include fastcgi_params;
		}
	}
}

Список использованной литературы:

• Как установить nginx на Ubuntu\Debian + WordPress
• NGINX setup
• How to install PHP-fpm + Nginx on CentOS 5.3
• Установка nginx + php-fpm + memcache + eaccelerator на FreeBSD