zend_extension = <путь-к-php>\ext\php_xdebug.dll

Далее ставим плагин для firefox – Xdebug Helper, настройка всего инструментария – в базе знаний Google
Работа с Xdebug под Eclipse
ещё про установку и настройку xdebug,
Профилирование с Xdebug на habrahabr.
Самое основное – параметр в php.ini

xdebug.profiler_enable_trigger=On

В итоге у меня получилось (php5.3)

zend_extension = путь-к-php53\ext\php_xdebug.dll
xdebug.remote_enable=1
xdebug.remote_handler=dbgp
xdebug.remote_mode=req
xdebug.remote_port=9000
xdebug.remote_host=localhost
xdebug.idekey=default

;xdebug.dump_once = On
;xdebug.dump_globals = On
;xdebug.dump_undefined = On
;xdebug.dump.REQUEST = *
;xdebug.dump.SERVER = REQUEST_METHOD,REQUEST_URI,HTTP_USER_AGENT

xdebug.profiler_enable=Off
xdebug.profiler_output_dir="c:\traces"
xdebug.profiler_enable_trigger=On
xdebug.profiler_output_name="cachegrind.out.%R-%t"

Теперь достаточно передать в GET-параметре ?XDEBUG_PROFILE (вот как раз тут полезен XdebugHelper – там это можно включить для определённого сайта).
много ссылок на полезные статьи.
Инструмент для анализа логов Xdebug от создателя.

Дебаг проекта через NetBeans совместно с XdebugHelper:
запустить отладчик в NetBeans и затем нажать кнопку «run» (это NetBeans заставит слушать Xdebug), а затем открыть сайт с активированным на нём XdebugHelper’ом.

#pear install apd

После чего в файл php.ini необходимо добавить установленное расширение и произвести настройку. (Приведу для примера параметры для Windows)

zend_extension = <Путь к установленному php>\ext\php_apd.dll
apd.dumpdir = c:\apd_traces\ ; здесь будут храниться промежуточные файлы трассировок
apd.statement_trace = 1

Если вызвать phpinfo(), должен появиться раздел с параметрами APD.
Использование.
Активизируется трассировка путём включения в нужный php-файл вызова функции

apd_set_pprof_trace('c:\TEMP\apd_traces');

Протоколируется следующие события:

• вход в функцию
• выход из функции
• использование инструкций include и require

.
При этом ведутся 3 счётчика:

• Real Time – прошедшее реальное время
• User Time – время, затраченное на пользовательский код
• System Time – время, затраченное на системные вызовы

.
После того, как файлы созданы (т.е. скрипт отработал), можно, к примеру, закомментировать строку вызова

apd_set_pprof_trace('c:\TEMP\apd_traces');

(она больше не нужна).
При установке APD из репозитория в папке
<Путь к php>\PEAR\Console\ появится файл pprofp.
Далее можно создать файл, к примеру, run.bat:

php.exe pprofp -r c:\TEMP\apd_traces\pprof.00288.53 > c:\TEMP\apd_out_rmT.txt

где c:\TEMP\apd_traces\pprof.00288.53 – это промежуточный файл трассировок, созданный при выполнении скрипта, а c:\TEMP\apd_out_rmT.txt будет создан и будет содержать полезную информацию в удобной форме.
Можно, конечно, создать и более «умный» батник, котороый бы принимал имя промежуточного файла параметром, но статья не об этом.
В итоге в файле увидим время выполнения функций и количество вызовов, что в дальнейшем должно помочь писать более «быстрый» код.