На jquery.min.js выдал ошибку, но в общем работает, и причём быстро.

<meta name="viewport"
content="width=device-width, target-densitydpi=device-dp, user-scalable=no, initial-scale=1.0, maximum-scale=1.0i" />

Советуют удобные сервисы для тестирования мобильных сайтов («firebug для мобильных устройств») – Opera Mini Simulator и Opera Mobile Emulator for desktop.

1. mySQL master-slave
2. Redis для сложного кеша, чтобы не нагружать mySQL
3. memcache для простого кеша

<div id="js-all-advert-block" class="all-advert-block">
	<div class="js-advert-block-content" data-number="1">
		{баннер}
	</div>
	<div class="js-advert-block-content" data-number="5">
		{баннер}
	</div>
	<div class="js-advert-block-content" data-number="15">
		{баннер}
	</div>
</div>
{здесь грузится счётчик показов}

После загрузки страницы размещаем все баннеры на нужных местах:

	(function( $ ) {
		function moveAdvert() {
			$( '#js-all-advert-block' ).find( '.js-advert-block-content' ).each( function() {
				var $oldContent = $( this );

			// в ие перемещаем
				if ( $.browser.msie ) {
					$( "#js-advert-place-" + $oldContent.data( "number" ) ).append( $oldContent );
				}
			// в других браузерах убираем лишнее и вставляем заново
				else
				{
					var cleanedContent = $oldContent.html().replace( /document\.write/gi, 'function a__(){}' );

					$( "#js-advert-place-" + $oldContent.data( "number" ) ).html( cleanedContent );
					$oldContent.remove();
				}

			// этот вариант менее хороший - глюки в ие и проблемы с яндекс.директ

			//	var $newContent = $.browser.msie ? $( $oldContent.html() ) : $oldContent.clone( true );

			//// не надо заново создавать скрипты - они заново выполнятся, а там document.write
			//	$newContent.find( "script, link" ).each( function() {
			//		$( this ).remove();
			//	} );

			//// вставляем
			//	$( "#js-advert-place-" + $oldContent.data( "number" ) ).html( $newContent );

			//// на старом месте нужно убить всё, кроме скриптов
			//// (в скриптах могут быть необходимые для правильного подсчёта кликов переменные)
			//	$oldContent.find( '*' ).each( function() {
			//		var $el = $( this );
			//		if ( ! $( 'script, link', $el ).length && this.tagName.toLowerCase() != 'script' && this.tagName.toLowerCase() != 'link' ) {
			//			$el.remove();
			//		}
			//	} );
			} );
		}

		$( document ).ready( function() {
			moveAdvert();
		} );
	}( jQuery ));

В итоге отвалившаяся внешняя баннерная площадка позволяет корректно отображать сайт без лишних задержек.
За рамками осталась работа сервер-сайда, где нужно собрать данные по всем отображаемым на странице баннерам, а потом вывести их все сразу внизу.

UP:
Всё-таки проблем оказалась куча. К примеру, opera 10.10 (хотя у меня 11.52) некорректно понимает тег script при .html( cleanedContent ), поэтому приходится чистить все теги script, но тогда умирает yandex.direct. К сожалению, на проекте нет нормальной возможности отделить директ от остальной рекламы (нет возможности объяснить тем людям, как что нужно настраивать), поэтому этот способ подходит с большими оговорками.
UP2: Наткнулся на гениальное решение – переопределить document.write, потом немного доработал и вот что получилось:

(function ( $ )
{
	// для собирания тега script
	var previousValue = '',
	// для проверки, собрали ли уже полный тег script
		reTestIfScript = new RegExp( '<\/scr' + 'ipt>$', 'i' ),
	// чтобы найти id дива, куда вставлять код соли
		reGetSolId = new RegExp( "sol\\.adbureau\\.net[^>]+aamsz=(\\d+x\\d+)", 'i' ),
	// для проверки, что это относится к яндекс-директу
		reYandexDirect = new RegExp( "an\\.yandex\\.ru", 'i' );

// заменяем стандартные методы
	document.writeln = document.write = function(value)
	{
	// если последовательно пишут в документ для получения тега script (document.write( '<SCR' ); document.write( '<IPT src="...' );)
		try {
			$( value );
		}
		catch ( e )
		{
			var joinedValue = previousValue + value;
		// сли собрали полный тег скрипт, то вставляем его, куда надо
			if ( reTestIfScript.test( joinedValue ) )
			{
				value = joinedValue;
				previousValue = '';
			}
		// если начали писать тег скрипт, продолжаем до сбора всего тега
			else if ( joinedValue.toLowerCase().indexOf( '<sc' ) == 0 )
			{
				previousValue = joinedValue;
				return;
			}
		// непонятно что это - ничего не делаем
			else {
				return;
			}
		}

		var parentNodeId,
			matches;
	// если в строке есть упоминание яндекса - вставляем в яндекс
		if ( reYandexDirect.test( value ) ) {
			parentNodeId = 'adv_media';
		}
	// если в строке есть упоминание соли - ищем id и вставляем в нужный div
		else if ( matches = value.match( reGetSolId ) ) {
			parentNodeId = 'sol' + matches[1];
		}

	// скрипт вставляем только в нужный элемент
		if ( $( value )[0].tagName == "SCRIPT" && parentNodeId )
		{
			var js = document.createElement( 'SCRIPT' );
			var obj = document.getElementById( parentNodeId ).appendChild( js );

		// подгрузка внешнего скрипта
			if ( $( value ).attr( 'src' ) !== "undefined" ) {
				$( obj ).attr( {type: 'text/javascript', 'src': $( value ).attr( "src" )} );
			}
		// выполнение скрипта
			else
			{
				var reReplaceWrite = new RegExp( '(document\\.write[a-zA-Z]{0,2}\\([^)]+)(\\))', 'ig' );
				eval( $( value ).text().replace( reReplaceWrite, "$`$1, '" + parentNodeId + "'$2$'" ) );
			}
		}
	// стили ставим в head
		else if ( $( value )[0].tagName == "LINK" )
		{
			var js = document.createElement( 'LINK' );
			var obj = document.getElementsByTagName( 'head' )[0].appendChild( js );
			$( obj ).attr( {rel: 'stylesheet', 'href': $( value ).attr( "href" ) , type: 'text/css'} );
		}
		else if ( $( value )[0].tagName == "STYLE" )
		{
			if ( $.browser.msie ) {
				var css = document.createElement( 'STYLE' );
				document.documentElement.firstChild.appendChild( css );
				$( obj ).attr( {type: "text/css"} );
				css.styleSheet.cssText = $( value ).html();
			}
			else {
				$( value ).appendTo( $( "head" ) );
			}
		}
	// любой другой элемент вставляем в DOM, только если поняли, в какой элемент вставлять
		else if (  parentNodeId ) {
			$( value ).appendTo( $( "#" + parentNodeId ) );
		}
	};
}( jQuery ));

Всё бы ничего с этим решением, и даже знает, как собирать тег script из кусочков, но всё-таки мы не можем знать, в какое место DOM должна была производится запись, так что там есть костыли с определением места по контенту, и это решение не универсально.

Хочу представить вашему вниманию фичу MySQL — профайлинг.
Появилась она начиная с версии 5.0.37.

Всего парой запросов можно узнать, какими запросами формируется страница (для веб-девелоперов)
и почему она тормозит.

И раньше подобный функционал был доступен, но пользоваться журналом запросов не в пример сложнее.

Итак, как пользоваться:

mysql> set profiling=1;
mysql> select count(*) from comment;
mysql> select count(*) from message;
mysql> show profiles;

+———-+————+——————————+
| Query_ID | Duration | Query |
+———-+————+——————————+
| 1 | 0.00012700 | select count(*) from comment |
| 2 | 0.00014200 | select count(*) from message |
+———-+————+——————————+
2 rows in set (0.00 sec)

Вуаля! Все выполненные запросы за сессию с временем выполнения.

На мой взгляд очень просто и сверх-удобно.

Можно пойти дальше, и узнать подробно на что тратилось время по каждому запросу:

mysql> show profile for query 1;
+——————————–+———-+
| Status | Duration |
+——————————–+———-+
| starting | 0.000015 |
| checking query cache for query | 0.000021 |
| checking permissions | 0.000003 |
| Opening tables | 0.000007 |
| System lock | 0.000004 |
| Table lock | 0.000023 |
| init | 0.000005 |
| optimizing | 0.000005 |
| executing | 0.000025 |
| end | 0.000003 |
| end | 0.000001 |
| query end | 0.000002 |
| storing result in query cache | 0.000003 |
| freeing items | 0.000003 |
| closing tables | 0.000004 |
| logging slow query | 0.000002 |
| cleaning up | 0.000001 |
+——————————–+———-+
17 rows in set (0.00 sec)

Подробнее о профайлинге в статье: Using the New MySQL Query Profiler

Upd: как точно подметил zayceslavshow profiles по умолчанию показывает профили для 15 запросов. Кол-во запрсов можно увеличить с помощью параметра profiling_history_size, но не более чем до 100.

mysql> set profiling=1;
mysql> set profiling_history_size=100;

zend_extension = <путь-к-php>\ext\php_xdebug.dll

Далее ставим плагин для firefox – Xdebug Helper, настройка всего инструментария – в базе знаний Google
Работа с Xdebug под Eclipse
ещё про установку и настройку xdebug,
Профилирование с Xdebug на habrahabr.
Самое основное – параметр в php.ini

xdebug.profiler_enable_trigger=On

В итоге у меня получилось (php5.3)

zend_extension = путь-к-php53\ext\php_xdebug.dll
xdebug.remote_enable=1
xdebug.remote_handler=dbgp
xdebug.remote_mode=req
xdebug.remote_port=9000
xdebug.remote_host=localhost
xdebug.idekey=default

;xdebug.dump_once = On
;xdebug.dump_globals = On
;xdebug.dump_undefined = On
;xdebug.dump.REQUEST = *
;xdebug.dump.SERVER = REQUEST_METHOD,REQUEST_URI,HTTP_USER_AGENT

xdebug.profiler_enable=Off
xdebug.profiler_output_dir="c:\traces"
xdebug.profiler_enable_trigger=On
xdebug.profiler_output_name="cachegrind.out.%R-%t"

Теперь достаточно передать в GET-параметре ?XDEBUG_PROFILE (вот как раз тут полезен XdebugHelper – там это можно включить для определённого сайта).
много ссылок на полезные статьи.
Инструмент для анализа логов Xdebug от создателя.

Дебаг проекта через NetBeans совместно с XdebugHelper:
запустить отладчик в NetBeans и затем нажать кнопку «run» (это NetBeans заставит слушать Xdebug), а затем открыть сайт с активированным на нём XdebugHelper’ом.

#pear install apd

После чего в файл php.ini необходимо добавить установленное расширение и произвести настройку. (Приведу для примера параметры для Windows)

zend_extension = <Путь к установленному php>\ext\php_apd.dll
apd.dumpdir = c:\apd_traces\ ; здесь будут храниться промежуточные файлы трассировок
apd.statement_trace = 1

Если вызвать phpinfo(), должен появиться раздел с параметрами APD.
Использование.
Активизируется трассировка путём включения в нужный php-файл вызова функции

apd_set_pprof_trace('c:\TEMP\apd_traces');

Протоколируется следующие события:

• вход в функцию
• выход из функции
• использование инструкций include и require

.
При этом ведутся 3 счётчика:

• Real Time – прошедшее реальное время
• User Time – время, затраченное на пользовательский код
• System Time – время, затраченное на системные вызовы

.
После того, как файлы созданы (т.е. скрипт отработал), можно, к примеру, закомментировать строку вызова

apd_set_pprof_trace('c:\TEMP\apd_traces');

(она больше не нужна).
При установке APD из репозитория в папке
<Путь к php>\PEAR\Console\ появится файл pprofp.
Далее можно создать файл, к примеру, run.bat:

php.exe pprofp -r c:\TEMP\apd_traces\pprof.00288.53 > c:\TEMP\apd_out_rmT.txt

где c:\TEMP\apd_traces\pprof.00288.53 – это промежуточный файл трассировок, созданный при выполнении скрипта, а c:\TEMP\apd_out_rmT.txt будет создан и будет содержать полезную информацию в удобной форме.
Можно, конечно, создать и более «умный» батник, котороый бы принимал имя промежуточного файла параметром, но статья не об этом.
В итоге в файле увидим время выполнения функций и количество вызовов, что в дальнейшем должно помочь писать более «быстрый» код.